1．作为饲料添加剂  多种动物饲喂实践表明，饲料中加入微生物酶制剂能弥补动物消化酶的不足，促进动物对饲料的充分消化和利用；消除饲料中的抗营养因子，降低动物消化道食糜的黏度，改善消化机能；提高动物的生产性能。淀粉酶、蛋白酶适用于肉食动物、仔猪、肉鸡等，纤维素酶主要用于肥育猪；植酸酶常用于多种草食动物。
2．微生物饲料的辅助原料用含糖量低的豆科植物制作青贮饲料时，加入淀粉酶或纤维素酶制剂，能将部分多糖分解为单糖，促进乳酸菌的活动，同时降低果胶含量，提高青贮饲料的质量。
3．用于饲料脱毒应用酶法可以除去棉籽饼中的毒素，酯酶和环氧酶制剂还能分解饲料中的霉菌毒素和单胞菌素。