制备微生物发酵饲料的菌种有几十种，除乳酸菌类和酵母菌类外，还有固氮菌、放线菌、光合细菌等，包括好氧、厌氧、高温、低温、酸性、碱性等不同特性的微生物，它们能和谐地解决合成、发酵、抑菌等作用(比嘉照夫，1992)。
根据我国农业部规定，发酵饲料所用微生物菌包括：地衣芽孢杆菌、桔草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、尿肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌、植物乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、产朊假丝酵母、酿酒酵母、沼泽红假单胞菌。
根据发酵饲料原料的来源不同，将微生物发酵饲料分为以下几种：
1．青贮饲料：又称乳酸发酵饲料主是利用青贮原料、秸秆、篙草、甘薯藤、花生秧等上附着的乳酸菌微生物的发酵作用，将原料中碳水化合物转化成乳酸等有机酸，抑制有害细菌的生长，保存营养成分，提高饲料的适口性。
2．畜禽屠宰废弃物发酵饲料：畜禽屠宰废弃物主要指屠宰后废弃的血、毛、骨等，这些来源丰富的屠宰废弃物经过处理和发酵，可制取优良的动物性蛋白饲料，既可弥补我国动物性蛋白饲料的严重不足，又可减轻对环境的污染。
(1)畜禽血发酵蛋白饲料：新鲜畜禽血(猪、牛、家禽)与麦麸、米糠等按一定比例混合，接入米曲霉曲种发酵，可将血中不易消化吸收的蛋白质水解成氨基酸，适口性更好，易消化吸收。粗蛋白含量可达30％以上。
(2)畜禽屠宰残渣发酵饲料：畜禽毛、骨、废弃内脏等粉碎后与米糠、麸皮等按一定比例混合均匀，接入特定的饲料微生物进行发酵，经发酵后的屠宰残渣饲料可直接饲喂家禽。
3．饼粕类发酵脱毒饲料：经发酵脱毒后可得到富含维生素和多种活性酶的高蛋白饲料。
4．其他：如畜禽粪便发酵饲料、干秸秆微贮发酵饲料等。
