微生物无处不在，动物的生长离不开微生物，在动物的肠道系统中存在着大量的微生物，一般情况下，这些微生物可以保护动物肠道，促进动物消化吸收。当然，也有一些有害的微生物，对动物健康造成威胁，对动物有益的微生物称为有益菌，对动物有害的微生物称为有害菌。

　　肠道中的有益微生物不仅可以保护动物肠道，有些还可以帮助消化吸收食物。通过肠道微生物的生命活动，将食物分解成动物容易吸收的营养成分，由于微生物的种类繁多，为了安全使用各种有益微生物，农业部曾经确定16种可以作为饲用的微生物。地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、 屎肠球菌、乳酸肠球菌、酿酒酵母、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌、产朊假丝酵母等。这些有益的微生物也称益生菌，把这些益生菌添加到动物饲料中，对动物的生长极为有利。