作为一种可利用的资源，秸秆可以通过各种方式变废为宝，通过微生物发酵秸秆技术制作成农作所需要的有机肥，秸秆的营养价值高，也避免了环境污染的问。如果农作物秸秆，只用通常的方法去处理，直接还田，那样所起到的效果比较差，也没有经过高温杀菌和有害物降解处理，使用起来风险大。如果将秸秆通过微生物发酵的技术，制作成有机肥，不仅可以改善土壤品质，提高肥料的利用率，还可以减轻环境污染等好处。
1、把秸秆类（如：玉米秸秆、麦秸、豆秸等）用粉碎机粉碎或用铡草机切断，一般长度以1～3厘米为宜(谷壳、锯末、菌渣、稻草、树叶、杂草、花生秧、等可直接使用发酵，但粉碎后发酵效果更佳)。
2、将粉碎或切断后的秸秆物料加水、渗透搅拌均匀，秸秆物料含水量一般掌握在60%左右。判断标准为：用手紧抓一把物料，指缝见水不滴水，松手即散为宜。
3、将一公斤玉米面或者麦麸、稻糠等与500g-1000g健康元菌液发酵剂搅拌均匀以后，再把它们均匀的喷洒在秸秆物料上（加水拌好的秸秆）。用铁锹等工具翻拌一遍（一边喷洒一边翻倒，使之均匀）。堆制发酵，堆成宽２.５米、高１.５－２米，长度不低于2米的长条，下雨时需要用塑料布盖住遮雨。
有机肥在发酵过程中，对温度的控制非常重要。温度过低，达不到腐熟的标准；温度过高，堆肥的养分容易损失。堆肥内的温度是从外表向内30厘米以里为准。因此，测量温度用的温度计，它的金属杆要长于30厘米，在测量时，要插入堆肥内30厘米以上，才能正确的反映堆肥的发酵温度。
1、秸秆有机肥一般用作基肥，可潮湿施用。半腐熟的有机肥，可以施用在生长期较长的作物；腐熟度高的有机肥，可用在生长期较短的瓜果蔬菜等作物。
2、秸秆有机肥中有机质十分丰富，氮、磷、钾养分较为均衡，还含有各种微量元素，是各种作物、各种土壤都适宜的常用肥料，具有提高作物品质、增加产量的显著效果。
秸秆有机肥的优势
1、改良土壤、培肥地力
有机肥料施入土壤后，有机质能有效地改善土壤理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤的保肥供肥能力和缓冲能力，为作物的生长创造良好的土壤条件。
2、提高肥料的利用率
有机肥含有养分多但相对含量低，释放缓慢，而化肥单位养分含量高，成分少，释放快。两者合理配合施用，相互补充，有机质分解产生的有机酸还能促进土壤和化肥中矿质养分的溶解。有机肥与化肥相互促进，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。
有机废弃物中含有大量病菌虫卵，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。因此，合理利用这些有机肥，可减轻环境污染。
所以，经过微生物发酵后的秸秆作有机肥，不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分，成本低、效果好、安全无害化。
