微生物肥料是一类含有活微生物的特定制剂，应用于农业生产中，能够获得特定的肥料效应。能够用作微生物肥料的芽孢杆菌种类很多，按其作用机理可分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷类肥料、解钾类肥料等。

我国最早把芽孢杆菌作为微生物肥料生产菌种是在20世纪50年代，到现在已有近60年的历史。当时，从原苏联引进了能进行自生固氮的圆褐固氮菌、能够解磷的磷细菌巨大芽孢杆菌和解钾的硅酸盐细菌胶冻样芽孢杆菌(Bacillus m税ci如ginos税s)作为生产菌种生产微生物肥料，这些微生物肥料曾经给我国农业生产带来了一定的增产效益。早在1958年，我国就明确提出要发展细菌肥料并写入国家农业发展纲要中。虽然经过了一些波折，到2000年，微生物肥料被国家科技部列为高科技产品并作为优先发展的农业项目。目前，我国微生物肥料的生产厂家超过400家，年产量达到500万吨左右。经过几十年的研究和探索，我国已经自行筛选出多株有肥效功能的芽孢杆菌，如有固氮作用的短小芽孢杆菌、固氮芽孢杆菌(B．azotofixaTls)、环状芽孢杆菌等10多种，解磷的巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等，解钾的多粘芽孢杆菌、环状芽孢杆菌等。部分菌株已经投人生产。

芽孢杆菌不仅具有固氮、解磷和解钾的功能，而且还能分泌多种抗菌杀菌物质抑制多种病虫害的发生，如脂肽类、肽类、磷脂类、类噬菌体颗粒、细菌素、几丁质酶、蛋白酶等，不仅能够抑制或杀死病原菌，而且还可以克服病原菌对现有的抗菌素的抗性问题。我国利用芽孢杆菌防治植物病害的应用研究达到了世界先进水平，潍坊大益生物科技有限公司现已开发出一批生防作用优良的枯草芽孢杆菌菌株蜡状芽孢杆菌R2菌株，短小芽孢杆菌A3菌株和增产菌系列产品等。B916菌株对多种病原真菌和水稻白叶枯病菌都有显著抑制作用，自1991年至今对水稻纹枯病田间防效稳定在50％～81％。南京农业大学生防菌B3(商品名麦丰宁)对小麦纹枯病田间防效50％～80％。莱阳农学院BL03和XMl6菌株对苹果霉心病和棉花炭疽病田间防效达90％。其他具有增产防病作用的芽孢杆菌还有B908、R2等菌株。